Медицинское дело в армии было поставлено плохо, это сказывалось на лечении раненых и предупреждении инфекционных заболеваний, в то время как концентрация войск приводила к развитию эпидемий. Так, в 1605 году при осаде г. Кромы, где находились полки Лжедмитрия, в русской армии от дизентерии погибло несколько тысяч человек. В связи с этим русское правительство вынуждено было принять меры по укреплению медицинской службы армии.

Военные врачи XVII века лечили огнестрельные повреждения преимущественно консервативно — покоем, припарками, согревающими компрессами, но делали и операции — удаляли пули, костные осколки при остеомиелитах, иногда ампутировали конечности.

Для ран применялись различные пластыри, мази, орошение ран отварами кореньев и трав, нередко прибегали к кровопусканиям, считая, что многие болезни связаны с затруднением кровообращения.

Кровопускание было известно с глубокой древности. В средние века монахи искали в нем средство уберечь себя от соблазна. Кроме того, думали предупредить «порчу крови». Этот «метод лечения» в то время применялся без чувства меры: кровь, как говорили, лилась рекой. В Павии, например, существовал обычай во время церковных праздников на площади пускать кровь всем собравшимся богомольцам. Кровопускание стало считаться едва ли не панацеей от всех заболеваний. Хирурги не спешили перевязывать раны, надеясь, что чем больше раненый потеряет крови, тем скорее поправится. Кровопускание широко применялось вплоть до XVIII — начала XIX века. Но лишь в начале XX века этому древнейшему терапевтическому вмешательству дали научное обоснование и более точно очертили покаяния к его применению.

В целях профилактики и лечения цинги в армии использовали вино, уксус, перец и другие пряные вещества, заготавливали патоку из шиповника.