Н. Бидлоо преподавал в лекарской школе анатомию и хирургию. Помогал ему лекарь Андрей Репкен, обучавший правилам наложения повязок, технике приготовления анатомических препаратов, вскрытию трупов. Ученики оперировали в госпитале. Некоторые операции воспроизводились в секционной на трупах. Ботанику, фармацию и фармакологию преподавал лекарь, хорошо знавший лекарственные препараты и способы их приготовления. Продолжительность обучения в школе была 7—11 лет.

Главным недостатком новой школы являлось преподавание на латинском языке, затруднявшее набор русских учеников. Кроме того, не было учебников, трудно было достать бумагу для записей лекций, к тому же она дорого стоила, что делало ее недоступной для неимущих. Как свидетельствует крупный русский историк медицины Я- А. Чистозич, «карандашей тогда еще не было, а они заменялись свинцовыми палочками, вытянутыми из расплющенной дроби. Гусиные перья для письма ученики собирали сами каждое лето (после успеньева дня) по берегам московских прудов и речек, где разгуливали целые стада линяющих гусей.»

Тем не менее значение московской лекарской школы очень велико: она стала первым центром систематической подготовки русских врачей, Особые заслуги в этом деле принадлежали Н. Бидлоо, почти 30 лет руководившему и московским госпиталем, и лекарской школой. Он честно и бескорыстно служил русскому народу, способствуя его просвещению. Н. Бидлоо стал выдающимся организатором учебно-медицинского дела в России.

Яростным противником его, ненавидевшим все русское, был А. де-Тейльс, впоследствии занявший место Н. Бидлоо. Он ввел свирепый режим. За малейшие проступки учащихся отправляли в солдаты, подвергали телесным наказаниям.