По образцу московской лекарской школы вскоре открылись подобные учебные заведения при Петербургских генеральных госпиталях и Кронштадтском госпитале. В них было обращено внимание на улучшение преподавания, расширение программы и увеличение штатов преподавателей. При школах имелись анатомические театры, где обучение велось на анатомических препаратах, муляжах. Кости изучались на скелете. В 1733 году, уже после смерти Петра I, лекарские школы были переименованы в медико-хирургические, а позже — в медико-хирургические училища, готовившие врачей для нужд армии. Это обстоятельство наложило свой отпечаток на характер обучения будущих врачей и выразилось з расширении их научных и практических знаний по хирургии и военной травматологии.

Однако во всех школах занятия в основном вели иностранцы, и талантливым русским врачам приходилось постоянно бороться с их засилием. Показательна в этом отношении судьба выдающегося ученого-педагога К. И. Щепина (1728—1770), который после долгих хлопот и прошений добился, наконец, назначения в Московскую медико-хирургическую школу. Он первым стал преподавать хирургию и анатомию на русском языке. По вечерам читал дополнительные лекции. В 1764 году К. И. Щепин ходатайствовал об отмене телесных наказаний, но это ни к чему не привело. Непрекращавшиеся интриги и травля со стороны иностранцев сломили дух К. И. Щепина. Впоследствии же он был «исключен из службы с лишением права врачебной практики». Такая горькая участь постигла не одного русского ученого медика.

Лишь постепенно менялся состав учащихся и преподавателей медико-хирургических училищ. Многих русских преподавателей и профессоров направляли в зарубежные университеты, и это способствовало повышению уровня их научных знаний и улучшению методов подготовки врачей.