Но, несмотря на реформу медицинского образования, положение с преподаванием изменилось мало. Русское правительство строго следило за деятельностью университетов, опасаясь развития в них вольнодумства и крамолы. В Казанский университет, например, направили доверенное лицо, облеченное большими полномочиями. Посланник царя предложил «публично разрушить» это учебное заведение. Но велено было не разрушать, а исправить. «Исправление» началось с медицинского факультета, впавшего якобы в «губительный» материализм. Анатомический театр и музей были закрыты. Анатомию вновь стали обучать по рисункам и «на платках», что не замедлило сказаться прежде всего на подготовке врачей-хирургов.

Со временем преподавание специальных дисциплин в медико-хирургической академии и на медицинском факультете постепенно улучшалось. Больше внимания начали обращать на приобретение учащимися практических навыков. Значительное место в подготовке врачей стали занимать анатомия и хирургия. В конце XVIII — первой половине XIX века на медицинском факультете Московского университета работали такие крупные хирурги, как Ф. А. Гильдебрандт, Е. О. Мухин, в Петербургской медико-хирургической академии — И. Ф. Буш и И. В. Буяльский.

Прославленный врач и преподаватель И. Ф. Буш (1771 —1843) вырастил не одно поколение врачей-хирургов, возглавляя старейшую в стране хирургическую клинику. Он написал также первое руководство по хирургии. Его достойными учениками и преемниками были И. В. Буяльский, П. Н. Савенко, Г, Я. Высоцкий, С. Ф. Гаевский.

Наиболее талантливый из них-—И. В. Буяльский (1789—1866), выдающийся врач, педагог и ученый с мировым именем, хирург-новатор, автор атласа «Анатомо-хирургические таблицы», развивший анатомическое направление в хирургии.